Раннее христианство и христианская церковь страдали как от внешнего врага — римских императоров, так и от внутренних раздоров, опиравшихся на теологические разногласия: различные толкования священных текстов, на признании или непризнании отдельных текстов священными и так далее.
Отражением одной из стадий внутренней борьбы был, видимо, «Иерусалимский собор», упоминаемый в главе 15 Деяний святых апостолов, а также множество случаев, когда апостол Павел защищал собственное апостольское служение, убеждал христиан опасаться ложных пастырей или чего-либо противоречащего тому, что проповедовал он. Аналогичные призывы содержатся в посланиях Иоанна и в Послании к Иудеям, а также в Откровении Иоанна Богослова.
Начиная со II века, христианские авторитеты (епископы и местные синоды), пользуясь вышеприведёнными источниками, обличали некоторых богословов как еретиков и определяли доктрину христианства более ясно, стараясь избежать ошибок и разночтений. В связи с этим ортодоксальности (греч. ὀρθοδοξία — правильная точка зрения) стали противопоставлять ересь (греч. αἵρεσις — выбор; подразумевается, что ошибочный).
Особый церковный суд католической церкви под названием «Инквизиция» был создан в 1215 году папой Иннокентием III.
Церковный трибунал, которому было поручено «обнаружение, наказание и предотвращение ересей», был учреждён в Южной Франции Григорием IX в 1229 году. Этот институт достиг своего апогея в1478 году, когда король Фердинанд и королева Изабелла с санкции Папы Сикста IV учредили испанскую инквизицию.
Конгрегация священной канцелярии была учреждена в 1542 году, заменив собой «Великую римскую инквизицию», а в 1917 году ей были переданы также функции упразднённой конгрегации индекса.
В 1908 году переименована в «Конгрегацию доктрины веры» (лат. Sacra congregatio Romanae et universalis Inquisitionis seu Sancti Officii). Работа этого учреждения строилась в строгом соответствии с действующим тогда в католических странах законодательством.
Основной задачей инквизиции являлось определение, является ли обвиняемый виновным в ереси.
С конца XV века, когда в Европе начинают распространяться представления о массовом присутствии заключивших договор с нечистой силой ведьм среди обычного населения, в её компетенцию начинают входить процессы о ведьмах. В то же время подавляющее число приговоров о ведьмах вынесли светские суды католических и протестантских стран в XVI и XVII веках. Хотя инквизиция действительно преследовала ведьм, точно так же поступало и практически любое светское правительство. К концу XVI века римские инквизиторы начали выражать серьёзные сомнения в большинстве случаев обвинения в ведовстве.
Также в компетенцию инквизиции с 1451 года Папа Николай V передал дела о еврейских погромах. Инквизиция должна была не только наказывать погромщиков, но и действовать превентивно, предупреждая насилие. Внесудебных расправ инквизиция не допускала. Кроме обычных допросов, применялась, как и в светских судах того времени, пытка подозреваемого. Юристы католической церкви огромное значение придавали чистосердечному признанию. В том случае, еслиподозреваемый не умирал в ходе следствия, а признавался в содеянном и раскаивался, то материалы дела передавались в суд.
